A gestão dos hospitais universitários federais (HUF’s) foi prejudicada por uma crise gerencial e financeira, especialmente quando passaram a agregar a assistência em saúde ao desenvolvimento de suas atividades. Em 2010, com o propósito de reestruturar os HU’s, o Governo Federal criou o Programa Nacional de Reestruturação dos Hospitais Universitários Federais (REHUF). Com vistas à resolução, principalmente, da falta de profissionais no quadro de pessoal dos HUF`s, foi criada em 2011, a Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (EBSERH). Este artigo visa descrever o processo de implantação da EBSERH no Hospital Universitário Professor Polydoro Ernani de São Thiago da Universidade Federal de Santa Catarina (HU/UFSC). Busca-se descrever o processo de implantação da EBSERH no HU/UFSC, bem como suas particularidades e mudanças ocorridas.